上海申鑫足球俱樂部,在2003年成立於上海市閘北區。閘北區體育局以精文足球學校的學員為班底,組建俱樂部(上海衡源足球俱樂部)參加當年的中乙聯賽,以解決學員的出路問題。
2004年初,上海衡源足球俱樂部出資買下解放軍八一青年隊,並將主場移至南昌八一體育場。2005年年底,南昌八一衡源以乙級聯賽冠軍升入甲級聯賽。2008年獲中甲聯賽季軍;2009年獲中甲聯賽亞軍;2009年底,南昌八一衡源以中甲聯賽亞軍升入中超。
2012年2月,俱樂部宣佈回遷起點上海,更名為上海申鑫足球隊,主場設在金山足球場。該賽季,上海申鑫以6勝12平12負的成績排名聯賽第15,後因大連實德資產轉讓予大連阿爾濱被取消資格而得以繼續留在中超。
2013賽季,上海申鑫在艱難中堅定前行,以聯賽第七的成績,力壓同城中超兄弟申花和上港,成為2013賽季中超聯賽上海足球版圖上的第一名。2014賽季,上海申鑫以9勝6平15負的成績,排名聯賽第11。
2015賽季,上海申鑫提前3輪降級,結束了6年中超征程,成為2015賽季第一支降級的中超球隊。2016賽季,上海申鑫排名中甲第10位。