南京城市足球俱樂部原名南京楓帆足球俱樂部，於2014年12月29日在南京市民政局正式注冊創立，2017年11月1日完成工商注冊，2021年1月15日更名為南京城市足球俱樂部。2018年9月11日，俱樂部被中國足球協會認定為“全國社會足球品牌青訓機構（2018-2020）”。2019年獲得中國足球協會會員協會冠軍聯賽冠軍，晉級到中國足球協會乙級聯賽。2020賽季獲得中國足球協會乙級聯賽季軍。2021年3月29日，根據中國足球協會公告，南京城市足球俱樂部獲得了2021賽季中甲聯賽的准入資格，球隊將參加新賽季的中甲聯賽。